Una vez seleccionado el mejor explante se requiere desinfectarlo superficialmente para que en el medio de cultivo no crezcan microrganismos (hongos, bacterias) que compitan con el explante. Para esta desinfección se han empleado diferentes compuestos, siendo los mas comunes el las soluciones de hipoclorito de sodio y calcio, el peróxido de hidrogeno, el nitrato de planta, el cloro comercial, el alcohol a diferentes porcentajes, y otros. La selección y concentración del desinfectante y el tiempo de desinfección se determinan en gran medida por las características del explante; en la práctica se establecen principalmente por ensayo y error.
Después de desinfectar el explante se siembra en el medio de cultivo con ayuda las pinzas procurando no introducir la mano al frasco y que la yema quede hacia a riba, después de esto se cierra y se sella el frasco.
El explante debe responder eficientemente bajo condiciones in vitro. Es importante considerar el hecho de que el aislamiento de un tejido u órgano del resto de la planta provoca un estado de estrés que altera su metabolismo celular y en forma importante su balance hormonal. Un buen explante es aquella cuyas células sobreviven en una alta porción, a la descomposición antes señalada, y que luego responde eficientemente a las condiciones in vitro.
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